外交部為提昇我國護照公信力，避免護照遭不法人士冒辦，並爭取更多國家給予我國人民免簽證待遇，自100年7月1日起「全面強制首次申請護照親辦」，即「首次」申請護照者需「親辦」或親赴戶政事務所辦理「人別確認」後再委由旅行業者、親屬或同事續為代辦護照。
為提供民眾更便利的服務，109年8月11日起，內政部與領務局及移民署合作，透過系統及流程改造推出「一站式服務」，讓民眾可在戶政事務所辦理人別確認後，同時完成護照及自動通關的申辦作業。民眾只要拿繳費單至超商、郵局、農漁會等地繳完護照規費後，領務局即予審核及製發護照，繳完費約14個工作天，民眾即可至原申辦的戶所領取護照，或付郵資後直接寄到指定地址。另申辦自動通關的民眾，經戶所通報移民署審核通過後，日後到機場即可使用自動通關查驗系統。
民眾可於上班時間可至全國任一戶政事務所辦理「首次申請護照及註冊自動通關一站式服務」；另為方便上班及就學民眾，本市東區、南區、北區、安南區、安平區、中西區、永康區、新營區、歸仁區、仁德區、佳里區星期六上午８時至１２時延長服務（遇連續假期暫停服務），歡迎民眾多加利用。
備註：
一、103年7月1日起,可向任一地戶所申辦人別確認。
二、自105年1月1日起「首次申請護照親辦人別確認」，放寬至18歲以上之未成年人得自行申請。
三、自109年8月11日起，首次申請護照及註冊自動通關一站式服務正式上線。